Resulta útil también para entender el pensamiento ético-religioso de Perón, señalar que él siempre insistió en el concepto de clericalismo como una intromisión ilegítima de lo eclesiástico en lo político. El clericalismo es la trasposición del planteo sobrenatural al ámbito temporal. Perón utilizó este concepto para caracterizar el conflicto suscitado en las postrimerías del régimen. Se habría tratado -según esta interpretación- de una conspiración "oligárquico-clerical", o mejor, una conjura oligárquica que utilizó una parte del clero volcado a una actitud clerical. Pero al mismo tiempo, el propio Perón incurría abundantemente en el vicio criticado. Las referencias son numerosas en este sentido.
Esto se muestra en primer lugar en su proximidad al Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, que paradójicamente constituye un verdadero "clericalismo de izquierdas", según se considerará más adelante, y también en la sintonía de Hernán Benítez con Camilo Torres y la Teología de la Liberación. Sobre ambos temas volveremos.
En segundo lugar, por su actitud durante la campaña electoral que lo llevó a la primera presidencia, oportunidad en la que pretendió contar con el concurso del clero católico para sumar votos, haciendo de cada parroquia un comité: una verdadera utilización de lo eclesiástico en favor de lo político, lo cual obviamente constituye un claro ejemplo de clericalismo.
Esta utilización política de la Iglesia se contradice frontalmente con su declamada religiosidad, supuestamente prescindente de las impurezas temporales, y sólo se explica ante un radical pragmatismo político o una profunda dualidad ética. En este sentido, los ejemplos se multiplican en la vida del líder. ¿Cómo compatibilizar el espíritu cristiano con un asesinato? Resulta paradigmática su actitud ante la muerte de Pedro Eugenio Aramburu, oportunidad en la que expresó al grupo guerrillero Montoneros que aprobaba todo lo actuado en el caso. Otras veces, Perón parece entender por clericalismo la misma práctica del catolicismo, como cuando expresa:
Yo soy católico pero no clerical. Creo en la doctrina: en la palabra de Cristo pero no en los ritos, porque esos ritos los han hecho los hombres. Eva pensaba exactamente lo mismo, y en ese libro que hizo, lleva mi mensaje, que está escrito bien clarito. Eva no se confesaba con nadie. Decía que se confesaba directamente con Dios. Nosotros, que combatíamos a todos los intermediarios (económicos, políticos, generales) tampoco queríamos intermediarios en lo religioso. Eva rezaba todos los días, pero lo hacía directamente con Dios. "Entre Dios y yo -decía- no quiero intermediarios".
La dualidad consiste en presentarse como un verdadero hijo y "protector" de la Iglesia por una parte, y la negación de su estructura institucional por la otra. Esta composición ha sido llamada "la tesis de los dos cristianismos", cuyo mentor intelectual podría haber sido Hernán Benítez, y sería instrumentada estratégicamente por el líder de los trabajadores. La tesis resultaba, como se ha observado, más asimilable por la mentalidad del pueblo llano, alejado de una práctica religiosa intensa, aunque nominalmente católico, que los planteamientos irreligiosos del iluminismo. Esto explica también que pudiera no sólo aceptar sino hasta impulsar una ley de divorcio vincular en contra de las enseñanzas magisteriales de la doctrina moral católica, junto a otras leyes del mismo tenor. El proyecto sería presentado con la autorización de Perón.
Según su propio testimonio, Perón veía al clero como una intermediación parasitaria entre Dios y los hombres: el típico planteo deísta. El líder sustentaba, en general, una idea harto despectiva del mismo, considerándolo sólo interesado en el dinero y los bienes materiales. Conviene subrayar que no se trata de una declaración apresurada en el momento del conflicto, sino de una afirmación efectuada muchos años después y en la mayor tranquilidad del exilio madrileño. En un libro escrito en el exilio no dudaba en vilipendiarlo:
Se ha dicho, con razón, que el clero de la República Argentina es el peor clero del mundo.
Perón rescata del catolicismo las enseñanzas de Cristo y las reinterpreta según sus sagrados cánones personales, rechazando siempre con un cierto desprecio las estructuras jerárquicas de la iglesia "visible", de un modo que recuerda sugestivamente el neogalicalismo de Leonardo Boff. El cristianismo queda convertido así en un mero humanismo, como se evidenciaría ya tempranamente en el discurso pronunciado por el líder con ocasión del congreso eucarístico del año 1950. El discurso trasuntaba una concepción puramente humanista del cristianismo.
